Jedes Pferd hat eine Grundfarbe, es kann sich hierbei um Schwarz (Rappe), Braun oder Rot (Fuchs) handeln. Diese Grundfarben werden von den Extension- und Agouti-Genen reguliert. Das Extension-Gen steuert die Produktion des schwarzen und roten Pigments, während die Verteilung des schwarzen Pigments durch das Agouti-Gen kontrolliert wird.
Alle anderen Genorte, welche die Fellfarbe beeinflussen, wirken modifizierend, sie “verdünnen” die Fellfarbe oder bewirken eine Depigmentierung. Mindestens fünf Gene verdünnen die Fellfarbe: Cream, Champagner, Dun (Falbe), Pearl und Silver (Windfarben). Eine Vielzahl anderer Gene bewirkt eine teilweise oder vollständige Depigmentierung. Dies sind: Overo, Sabino, Tobiano, Schimmel (Grey), Dominant Weiß, Splashed White, Tigerscheckung (Leopard-Komplex) und das so genannte Pattern-1. Zur Zeit bieten wir keinen Test für Appaloosa Fellzeichnungen an.
Die Hauptunterschiede in der Fellfarbe des Pferdes werden durch drei Gene erklärt: Agouti, Extension und Cream. In der nachfolgenden Tabelle sind die möglichen Kombinationen und Ausprägungen aufgelistet:
| Fellfarbe | Agouti | Rotfaktor, Extension-Locus | Cream, Verdünnungsfaktor |
|---|---|---|---|
| Schwarz | a/a | E/E oder E/e | N/N |
| Braun | A/A oder A/a | E/E oder E/e | N/N |
| Fuchs | A/A, A/a oder a/a | e/e | N/N |
| Smoky black | a/a | E/E oder E/e | N/Cr |
| Buckskin | A/A oder A/a | E/E oder E/e | N/Cr |
| Palomino | A/A, A/a oder a/a | e/e | N/Cr |
| Smoky cream | a/a | E/E oder E/e | Cr/Cr |
| Perlino | A/A oder A/a | E/E oder E/e | Cr/Cr |
| Cremello | A/A, A/a oder a/a | e/e | Cr/Cr |